Универзитет је прекинуо рад 1941. године, када је земља окупирана од стране немачке војске. После ослобођења, 1945. године, нова власт га је обновила.
Под окриљем Београдског универзитета образовали су се универзитети у Новом Саду, Нишу, Приштини и Крагујевцу, као и у данашњој Подгорици. Број студената на Универзитету стално се повећавао у послератном периоду. Велики прилив студената био је подстакнут либерализацијом уписа и правом на ванредно студирање. После извесног времена, упис је ограничен уписним квотама за сваки факултет, а право на упис стиче се на основу резултата на квалификационом испиту и успеха у средњој школи. Од краја педесетих година организоване су постдипломске студије за стицање академског назива магистра наука, који је, почев од 1966. године, постао предуслов за пријављивање докторске дисертације.

Након кризе деведесетих година прошлог века, Универзитет у Београду се крупним корацима враћа у интернационалну академску заједницу. Примљен је за члана Европске и Међународне асоцијације универзитета, а укључио се и у различите облике међууниверзитетске сарадње. Интензивирана је међународна размена наставника и студената. Универзитет у Београду је спреман да задржи и унапреди своју позицију водеће високошколске установе у региону, адаптирајући се изазовима новог времена али истовремено и чувајући оно вредно у својој традицији, због чега је и препознатљив као прави национални бренд.

Почетком 1905. године изгласан је Закон о Универзитету који је зајемчио аутономију Универзитета. Универзитет у Београду представљао је средиште научног, образовног и културног живота и центар отпора сваком тоталитаризму. Његов високи углед проносили су и Милутин Миланковић, Владимир Ћоровић, Ђорђе Тасић и други.